虽然接纳了这些步伐,纽约州的第一例新冠确诊病例照旧于2月29日呈现在了纽约市。在3月的头几周,随着筛查才能的扩展,纽约新冠病例数敏捷添加。停止5月2日,纽约州共有312977例新冠确诊病例,此中纽约市172354例(占纽约州55%)。纽约市已成为美国SARS-CoV-2熏染的次要中央之一,其多数市地域超越13300人殒命。

  位于西奈山伊坎医学院的病原体监测项目(PSP)是一个多学科、机构性的江苏快3开奖后果明天设备,旨在发生高辨别率、近乎及时的病原体遗传信息,这些病原体在来自那些在纽约西奈山卫生零碎寻求医治的少量、多样的患者。基于Illumina公司和Pacific Biosciences公司的新一代测序技能,经过生物pecimen编码、核酸提取和qPCR定量,PSP提供了病原体基因组的信息。

  研讨者应用现有的PSP江苏快3开奖后果明天设备观察了在纽约市传达的SARS-CoV-2毒株的泉源,并剖析了该病毒在生齿麋集的多数市地域的传达状况。该研讨展现了90个SARS-CoV-2别离毒株的基因组多样性,这些毒株来自于2020年2月29日至2020年3月18日在西奈山卫生零碎寻求医治的84名患者。

  这些基因组标明:2020年3月的头几周,是多个独立的泉源将SARS-CoV-2引入纽约市。基于对全长病毒基因组序列的遗传类似性和零碎发育剖析,在纽约州初次陈诉新冠病例后的18天内诊断的大少数病例好像与未追踪的传达和潜伏的游览相干表露有关。值得留意的是,大少数的病毒引入都来自欧洲和美国。研讨者还确定了两个病毒簇,共21个亲密相干的病例,标明社区传达曾经存在。

  这些察看后果也失掉了这些病例在都会边疆理散布的支持,对应纽约市的4行政区中的3个,以及纽约州的5个县。数据标明,一旦SARS-CoV-2由多个独立泉源引入并发作社区传达,再对前去纽约施行游览限定对防备多数市地域传达作用无限。

  疫情开端时,团体要取得SARS-CoV-2的测试必需契合美国CDC的一套严厉的挑选规范,而且需求取得外地卫生部分的同意,这对纽约市的新冠测试是极大的限定。3月9日至3月14白天,状况发作了变化,纽约西奈山医疗零碎(MSHS)的新冠挑选才能失掉大大扩展,于是新冠确诊病例激增。这一周内,每天的SARS-CoV-2阳性检测数目是流感病毒阳性检测数目的5倍多。

  研讨者对临床别离出的90个SARS-CoV-2基因组停止了测序,这些病毒来自停止3月18日确诊84个患者(事先纽约周已有超越800确诊病例),共发生了72个完好的和18个局部(掩盖率> 95%)的新冠病毒基因组。这些病例来自纽约市4个行政区(曼哈顿、布朗克斯、皇后区和布鲁克林区)的21个社区,以及韦斯切斯特县的两个城镇。

  样原本自44名女性(52.4%)和40名男性(47.7%)的鼻咽拭子,年事在20-44岁(16%)、45-64岁(33%)、65-79岁(27.4%)和>80岁(16.7%)之间。此中,68名患者有细致的医院就诊信息,辨别是:出院12例(17.6%),出院53例(80%),首次出院后再次出院3例(2.4%)。

  研讨者对84个独立的新冠患者别离出来的病毒株停止了零碎发育剖析,并对停止2020年4月1日在GISAID中保管的2363个序列停止了零碎发育剖析。纽约市的新冠病毒别离株散布于整个零碎发育树上;并与多个独立的引入相分歧。

  研讨者依据氨基酸和核苷酸代替以及最大似然(ML)和贝叶斯办法的统计支持,将源自西奈山卫生零碎寻求医治的患者的每个SARS-CoV-2别离株分派到次要的退化枝上。这些渐变仅用于分类,由于其功用影响依然未知。作为参考,研讨团队接纳了来自NextStrain东西的退化枝定名法。

  关于每个指定的分支,他们依据纽约的序各位置和可用的盛行病学信息确定了差别范例的输出事情。第一个病毒别离株来自于一位有中东游览表露史的患者(A3支,节点5),第二个别离株来自于一位有欧洲游览史的患者(B支,节点6)。其他的别离株,绝大少数(87%)聚集在A2a枝上。这一分支次要由来自欧洲的新冠患者别离毒株构成(72%),这标明来自欧洲的病毒引入是3月第一周在纽约爆发的病毒主体。

  退化枝A2a内的大少数纽约别离株都呈疏散散布,未察看到按国度或天文地区分组的状况。虽然来源各别,但该退化枝中的很多序列十分类似或相反,这使得在没有其他盛行病学数据的状况下无法处理病例之间的间接干系或偏向性。接上去,研讨者运用ML和贝叶斯零碎动力学剖析来推测与纽约市相干的新冠传达事情的工夫。

  关于退化枝A2a,他们估量了从1月下旬到2月中旬的一段未被追踪的环球传达时期,与盛行病开展的盛行病学察看后果分歧(表1,节点2)。 A2a退化枝底部的最早序列包罗从2月下旬开端来自意大利,芬兰,西班牙,法国,英国和其他欧洲国度的别离株,以及从3月第一周开端的一些北美别离株(加拿大和美国)。在这一退化枝中,研讨者判定出了两个渐变,以区别于纽约市和其他地域的序列簇,这标明能够至多有两个独立的病毒引入发作在2月初至2月中旬(表1,节点3至4)。

  值得留意的是,这两个簇之一包括位于退化枝A2a中的72个纽约市别离毒株中的64个,提示社区分散的发作。

  与退化枝A2a中状况类似,退化枝A1a中的SARS-CoV-2别离株(6%)分布在偏向性未知的多个地区中(图2A,节点1)。该退化枝也次要由欧洲泉源的​​别离株构成(82%),详见图2B。

  关于其他的退化枝(B,B1和B4),研讨者辨别在2月至3月初推测被引入纽约的4种SARS-CoV-2毒株(表1,节点7至10)。值得留意的是,此中两个引入毒株依据其与美国其他别离株的亲密干系,可以推测为来自于美国国际,此中就包罗在华盛顿州引发次要社区传达的别离株(退化枝B1,节点9)。近来有报道称,该退化枝上的毒株被引入了美国东海岸(纽约位于东海岸)。虽然退化枝B中一半以上的序列是亚洲来源的(图2B),但与纽约别离株最靠近的亲戚是欧洲和北美来源的。

  前述测序别离株和退化枝在天文空间上,散布在纽约市一切的行政区和21个社区中(图3)。这与纽约其他医院中的测序别离株和退化枝时空散布类似。

  综上所述,研讨后果标明,纽约的SARS-CoV-2盛行病次要来自美国和欧洲之间的无追踪传达,该病原是从中国间接引入的证据十分无限。

  虽然在2020年4月上旬可用的SARS-CoV-2基因序列数目绝对较少,但该研讨照旧发明了位于退化枝A2a内的两个单系病毒簇,它们简直完全包括来自纽约的别离株(图2B)。一簇包罗退化枝A2a中23%(17个)的别离株和总测序别离株的20%。依据邮政编码信息,该集群的病例散布在五个县,包罗一个来自韦斯特切斯特县新罗谢尔的样本,该样本是纽约市以北的多数郊区的一局部,并陈诉了纽约州第一个记载在案的社区取得性熏染群,陈诉工夫是2020年3月3日。该簇的特性是ORF1b基因中的氨基酸代替A1844V。这些病毒簇的江苏快3开奖后果明天是来自明尼苏达州、华盛顿州和加利福尼亚州的别离株。纽约别离株和美国其他别离株之间的相干性标明,当地传达的病毒能够曾经经过国际途径被引入纽约。

  第二病毒簇是一个较小的群,此中包括来自曼哈顿的四个别离株和来自皇后区的一个别离株。邮编信息可用于曼哈顿的三个病例,这些病例对应三个差别的社区,进一步支持纽约发作了社区传达。虽然大少数纽约市病例次要与欧洲的病毒退化枝稠浊在一同,但这些后果标明,在纽约市内,国际引进的病毒株也能够是晚期社区传达的泉源。

  值得留意的是, CNN在4月连线采访美国顶级疾控专家福奇,他也表现,“依据游览和航班记载发明,纽约新冠病毒源自意大利,并且是意大利北部。我对此并不感触不测。”

  此前《纽约时报》也报道称,最新的基因研讨标明,新冠病毒早在2月中旬就开端在纽约地域传达,也便是第一个确诊病例呈现之前的几周,次要是来自欧洲的游览者带来了这种病毒,而不是来自亚洲。

  外地工夫5月11日,纽约州州长科莫(Andrew Cuomo)在新冠肺炎逐日简报时也再度夸大,“打击我们的病毒来自欧洲”。

  磅礴旧事记者 贺梨萍

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